Ngày 2 tháng 11 năm 1996, Chính phủ ban hành Nghị định 69-CP[4] về việc sáp nhập trên cơ sở 102,35 ha diện tích tự nhiên và 2.290 nhân khẩu của xã Ninh Sơn thuộc huyện Hoa Lư vào thị xã Ninh Bình quản lý để thành lập phường Bích Đào.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Ninh Sơn còn lại 465,15 ha diện tích tự nhiên và 8.247 nhân khẩu.

Ngày 9 tháng 1 năm 2004, Chính phủ ban hành Nghị định 16/2004/NĐ-CP[5] về việc chuyển xã Ninh Sơn thuộc huyện Hoa Lư về thị xã Ninh Bình quản lý.

Ngày 28 tháng 4 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 58/2005/NĐ-CP[6] về việc điều chỉnh 26 ha diện tích tự nhiên và 1.300 nhân khẩu của xã Ninh Sơn về phường Nam Bình quản lý.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Ninh Sơn có 470,01 ha diện tích tự nhiên và 8.054 nhân khẩu.

Ngày 7 tháng 2 năm 2007, Chính phủ ban hành Nghị định 19/2007/NĐ-CP[7] về việc thành lập thành phố Ninh Bình thuộc tỉnh Ninh Bình và xã Ninh Sơn trực thuộc thành phố Ninh Bình.

Ngày 3 tháng 12 năm 2007, Chính phủ ban hành Nghị định 177/2007/NĐ-CP[1] về việc thành lập phường Ninh Sơn thuộc thành phố Ninh Bình trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và nhân khẩu của xã Ninh Sơn.

Phường Ninh Sơn có 466,43 ha diện tích tự nhiên và 8.615 nhân khẩu.